Новости

В этом году для участия в борьбе за приз Archon Genomics X зарегистрировались только две команды, но и они не рассчитывают на успех. По словам исследователей, в индустрии пока нет методики, способной выиграть это соревнование, а существующие способы потребуют затрат, превосходящих обещанный приз — 10 миллионов долларов.

Archon Genomics XPRIZE — это ежегодное соревнование генетиков и исследователей, которым предлагается в течение 30 дней быстро, точно и с минимальными затратами секвенировать 100 человеческих геномов. Главный приз соревнования — 10 миллионов долларов. Основная задача организаторов соревнования — подстегнуть исследователей к разработке более совершенных методов секвенирования генома, которые снизят стоимость расшифровки при сохранении высокого качества. Ведь, несмотря на то, что стоимость секвенирования заметно упала с 2002 года, в настоящее время ее дальнейшего снижения не происходит.

Организация X Prize Foundation из Калифорнии впервые объявила о проведении подобного соревнования в октябре 2006 года. Тогда исследователям было предложено расшифровать 100 геномов за 10 дней, затратив на каждый не более 10 тысяч долларов США. В соревнование вступили 8 команд, но ни одной из них не удалось уложиться в 10-дневный срок. Соревнование приостановили на 2 года, после чего правила изменили. Теперь срок стал составлять 30 дней, а стоимость расшифровки одного генома — не более 1 тысячи долларов США. Более того, организаторы собрали для соревнования 100 геномов долгожителей со всего мира, переживших 100-летний возраст. Таким образом, секвенирование их геномов несет еще и исследовательскую нагрузку — определение генов, которые могут вносить вклад в долгожительство.

Организаторы соревнования также требуют от участников высокой точности и аккуратности расшифровки. Разрешается только 1 ошибка на 1 миллион азотистых оснований. Однако генетики отмечают, что современные методики секвенирования не позволяют достичь такого результата. В настоящее время геном расшифровывается небольшими отрезками, которые затем соединяются вместе, что может привести к возникновению ошибок. Мировой лидер рынка в области секвенирования генома Illumina из Сан-Диего допускает во время расшифровки до 7,5 процента ошибок. Более современные методики расшифровки разрабатываются, но пока они слишком медленны и очень дорогостоящи. Такая работа потребует затрат, превосходящих предлагаемый организаторами приз. По мнению генетиков, установленные Archon Genomics X требования пока опережают существующую действительность.

Ссылки по теме:

 — Nature, doi:10.1038/497546a

Завершена расшифровка первого эпигенома в Европе — 31.05.2012

Расшифровка генома конкретного человека стремительно дешевеет — 12.03.2010

Фото © shutterstock.com